集团公司根据主营业务发展方向和重点，不断加强体制机制创新，深入开展组织结构改革调整，优化系统资源利用效率，提升集团公司总体能力和系统集成能力。
“十一五”期间：
  • 组建新的航天推进技术研究院、中国航天电子技术研究院，成立中国空间技术研究院西安有效载荷分院，进一步整合专业资源。
  • 中国卫星通信集团公司重组并入集团公司，完善了集团公司卫星运营业务产业链。
  • 组建深圳航天创新研究院，形成产学研结合创新模式。
  • 成立卫星应用研究院，推动卫星制造、应用一体化发展。
  • 组建中国空间技术研究院通信卫星事业部、载人航天总体部，成立四川航天技术研究院七部、中国航天空气动力研究院特种飞行器总体部，强化总体建设，提升总体能力。
    2010年，集团公司继续推进资源优化整合，组建了中国运载火箭技术研究院战术武器事业部、中国航天电子技术研究院微系统事业部、上海航天技术研究院卫星总装试验部以及航天长征国际贸易有限公司；完成了航天人才培训中心和航天人才开发交流中心重组挂牌、宇航出版社转制等直属单位改革。